Plaukikas, krepšininkas, krepšinio organizatorius. SSRS sporto meistras (1974). 1976 baigė Vilniaus universitetą.

Šiaulių plaukimo mokyklos auklėtinis. Pirmasis plaukimo treneris A. Urbonas, krepšinio treneriai: E. Paškevičius ir A. Paulauskas (pirmieji), R. Endrijaitis, S. Butautas. 4 kartus Lietuvos plaukimo laisvuoju stiliumi čempionas: 1500 m (1968, 1969, 1971) ir 400 m (1969); plaukimo laisvuoju stiliumi rekordininkas: 800 m (9 min 38,6 s – 1971) ir 1500 m (18 min 01,1 s – 1971).

1976–1992 Vilniaus universiteto Radiofizikos katedros mokslinis bendradarbis, 1992–1994 Lietuvos Respublikos Seimo kanceliarijos vadovas, 1994–2007 Lietuvos vyrų krepšinio rinktinės rėmimo fondo direktorius. Lietuvos krepšinio federacijos prezidentas (1994–2003). Ordino Už nuopelnus Lietuvai Komandoro kryžius (2003).

Algimantas Pavilonis krepšininko karjerą pradėjo 1973 m. „Statybos” meistrų komandoje ir su ja 1979 metais sugebėjo iškovoti TSRS čempionato bronzos medalius, kas buvo didžiausias klubo pasiekimas tais laikais. Po etapo Statyboje dar atstovavo Panevėžio „Lietkabelio” ir Vilniaus”Mokslas” komandoms. Buvo išvykęs ir į užsienį, į Čekiją, kur atstovavo „Banik”. Taip pat sugebėjo prasimušti į Lietuvos vyrų rinktinę, bei vienais metais net gi buvo pakviestas ir į TSRS rinktinę, kas parodo, kad buvo aukšto lygio krepšininkas. Atgavus nepriklausomybę ir 1993 metais įkūrus LKL lygą Pavilonis tapo seniausiu lygoje žaidusiu krepšininku. Tuo metu Alytaus komandai atstovavo būdamas jau 42 metų 3 mėnesių ir 15 dienų amžiaus. Šį, jo pasiekimą tik 2023 m. pagerino Mindaugas Lukauskis, kuris LKL rungtyniavo sulaukęs 44 m. 

• 1973-1985 m. Vilniaus „Statyba”
• 1989-1991 m. Ostrava „Banik” Čekija.
• 1991-1995 m. Alytaus „Savy” 
• 1995-1996 m. LKL Alytaus „Savy”. 5,2 tšk
• 1977 m. Pasaulio universiados sidabro medalio laimėtojas.
• 1979 m. TSRS čempionato bronzos medalio laimėtojas.
• 1979 m. TSRS vyrų rinktinės žaidėjas.
• 1984 m. Lietuvos čempionas.
• 1994-2001 m. Lietuvos krepšinio federacijos prezidentas.
• 1998-2001 m. NEBL vykdantysis direktorius.

             Pasirodymas Lietuvos rinktinėje

• 1975 m. VI SSRS Tautų spartakiada Kijevas. 7 rungtynės,   57 tšk.
• 1979 m. VII SSRS Tautų spartakiada Vilnius/Kaunas.  10 rungtynių,  111 taškų

Lietuvos rinktinei oficialiose varžybose atstovavo ketverius metus laikotarpiu 1975-1979 m. Viso sužaidė 17 rungtynių ir pelnė 168 taškus. Rezultatyviausios rungtynės atstovaujant Lietuvos rinktinei 20 pelnytų taškų 1979 m. spartakiadoje rungtynėse prieš JAV.